تشخیص بیماری هاشیموتو براساس علائم آن بیماری و نتیجه آزمایش های خون می باشد. آزمایش های خونی که برای تشخیص بیماری هاشیموتو استفاده می شوند عبارت اند از :

آزمایش TSH و هورمون های تیروئیدی

اگر غده تیروئید شما کم کار باشد، سطح هورمون تیرویئد پایین خواهد بود اما میزان هورمون TSH بالاست، زیرا غده هیپوفیز سعی می کند غده تیروئید را تحریک کند تا هورمون تیروئید تولید شود.

آزمایش آنتی بادی TPO

از آنجایی که بیماری هاشیموتو یک اختلال خودایمنی است، این امر باعث تولید آنتی بادی های غیرطبیعی می شود. در یک آزمایش خون وجود آنتی بادی هایی علیه تیروئید پراکسیداز (آنتی بادی TPO) (آنزیمی در غده تیروئید که نقش مهمی در تولید هورمون تیروئید بازی می کند) تایید می شود.
آزمایش TSH بهترین تست غربالگری است، به همین دلیل پزشک ابتدا آزمایش TSH را انجام خواهد داد و سپس در صورت نیاز آزمایش هورمون های تیروئیدی را توصیه می کند. آزمایش TSH نقش مهمی در کنترل کم کاری تیروئید ایفا می کند. این آزمایش ها به پزشک کمک می کنند میزان مناسب دارو را برای بیمار تعیین کند.